Les principaux symptômes de la phobie scolaire sont reconnaissables à  ces signes  :

• Des difficultés à quitter la maison pour se rendre à l’école ;

• Absentéisme ;

• Anxiété et panique ;

• Absence de comportements antisociaux (l’enfant continue de voir ses amis à l’extérieur et/ou souhaite toujours pratiquer ses activités extra-scolaire).

• somatisation : maux de ventre ou de tête, nausées, sueurs, sensations de malaise, etc.

Si le jeune est contraint à aller à l'école, des manifestations plus extrêmes  peuvent apparaître : pleurs, cris, agitation, violence. La panique est telle que l'enfant n'est pas accessible à la discussion ou au raisonnement. Si les parents cèdent à sa demande, il se calme et promet de retourner à l'école le lendemain ; les symptômes disparaissent. Mais la scène se répète à l'identique le jour d'après. Parfois, l'enfant parvient à se rendre à l'école mais arrivé sur place, l'angoisse est telle qu'il est obligé de rentrer au domicile. Dans certaines situations, la crise d'angoisse et le besoin de rentrer à la maison apparaissent à l'occasion d'une remarque d'un enseignant ou d'une altercation, même minime avec un autre élève.

Les manifestations de la phobie scolaire disparaissent lors des vacances et des week-ends, pour réapparaître à l'approche de la rentrée. En règle générale, donc, l’enfant se sent incapable de se rendre à l’école. Ses angoisses ne se dissipent que quand il est sûr de ne pas y aller.